Cloudflare を使っても、Google Analytics（GA）が Google 推奨の方法のいずれか ↗ でサイトに追加されていれば、トラッキングには影響しません。
Cloudflare はオリジン Web サーバーへのトラフィックをプロキシしますが、GA の JavaScript コードはサーバーへトラフィックを送りません。ユーザーのブラウザー上で直接実行され、Cloudflare とはやり取りしません。
Cloudflare が影響するのは、awstats のように Web サーバーのログを直接読む分析ツールだけです。
タグ / スニペットによる Google Analytics の標準セットアップの代わりに、Cloudflare では Zaraz 経由で Google Analytics を使えます。Zaraz は、サイトにスクリプトを読み込まずに Google Analytics がデータを収集できる仕組みです。この方法で GA を設定すると、一部の機能は使えないことがあります。